Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Kota Kediri yang dulu bernama MTs Negeri Kediri II berdiri 16 Maret 1978. Madrasah ini merupakan bagian dari PGAN 6 yang telah berdiri tahun 1962-an. Pada tahun 1978 berubah menjadi PGAN Kediri dengan masa belajar 3 tahun. Dengan demikian siswa yang diterima di PGAN ini bukan lagi tamatan MI/SD melainkan harus tamanan MTs/SMP. Dan MTsN 2 Kota Kediri yang berperan menampung tamatan MI/SD.