Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Kota Kediri yang dulu bernama MTs Negeri Kediri II berdiri 16 Maret 1978. Madrasah ini merupakan bagian dari PGAN 6 yang telah berdiri tahun 1962-an. Pada tahun 1978 berubah menjadi PGAN Kediri dengan masa belajar 3 tahun. Dengan demikian siswa yang diterima di PGAN ini bukan lagi tamatan MI/SD melainkan harus tamanan MTs/SMP. Dan MTsN 2 Kota Kediri yang berperan menampung tamatan MI/SD.

Seiring dengan berjalannya waktu dan pesatnnya minat masyarakat untuk menyekolahkan anaknya di MTsN 2 Kota Kediri. Maka, lokasi belajar yang selama sepuluh tahun menjadi satu dengan PGAN Kediri sudah tidak memungkinkan lagi. Akhirnya BP3 MTsN Kediri II mengupayakan untuk merelokasi MTsN Kediri II ke tempat lain yakni di Jl. Sunan Ampel No 4 (dulu) No. 12 (sekarang) Kelurahan Ngronggo Kota Kediri. Hal serupa (relokasi) juga dilakukan oleh MAN II Kediri dan SPIAIN/STAIN Kediri di tempat yang sama, bahkan diikuti pula oleh Pengadilan Agama Kota Kediri.

Usaha ini tidak sia-sia dan mendapat dukungan yang luar biasa dari berbagai pihak, mulai pengadaan tanah, bangunan dan lainnya mendapat support dari orang tua siswa dan masyarakat. Bahkan, tokoh masyarakat bernama H. Shofwan siap mewakafkan tanah dan siap membangunkan masjid di depan madrasah. Dan masjid itu berdiri megah hingga saat ini dengan nama Masjid As-Shofwan.

Hingga saat ini madrasah ini telah berusia hamper 40 tahun dan telah meluluskan lebih dari 15.000 siswa dan puluhan ribu siswa siswa dan MTs swasta yang menjadi KKM MTsN 2 Kota Kediri. Sejumlah prestasi Akademik dan Nonakademik telah ditorehkan MTsN 2 Kota Kediri sehingga layak disebut Madrasah Berprestasi Terbaik Tingkat Nasional.